MEGA YAZILIM İLE EVRİMSEL İLİŞKİLERİ ANLAMAK VE ANALİZ YÖNTEMLERİ

Özet

Son yıllarda genom dizilimi çok çeşitli biyolojik sistemleri araştırmak için oldukça etkili bir araç haline geldi. Ham dizi verilerinin yorumlanmasına yönelik çok sayıda adım, fonksiyonel genom farklılıklarını ortaya çıkarmak için her zaman periyodu için moleküler dizilerin karşılaştırmalı analizini gerektirir. DNA ve protein dizisi verilerini analiz etmek için geliştirilmiş kullanıcı dostu bir yazılım olan Moleküler Evrimsel Genetik Analizi (MEGA), bu analizleri gerçekleştirmek için bir dizi araç sağlar. MEGA, dizi hizalamalarının birleştirilmesi, evrimsel ağaçların oluşturulması, genetik mesafelerin ve varyasyonların tahmin edilmesi ve ata dizilerinin ortaya çıkarılması gibi çok çeşitli araştırmalara olanak sağlar. Organizmaların geçmiş bilgilerini mevcut bilgilerinden tahmin etmeye yönelik bazı biyoinformatik yöntemler vardır. Filogenetik ağaç, biyolojik varlıklar arasındaki ilişkiler açısından evrim ağacına benzemektedir ve filogenetik ağaç yapısında çeşitli türler, organizmalar, genler vb. arasındaki ilişkiler dendogramlarla gösterilmektedir. Nükleik asit, protein, DNA ve RNA dizileri üzerinde analizler yapılabilmektedir. Temel olarak iki ağaç vardır: köklü ve köksüz filogenetik ağaçlar. Kök, köklü filogenetik ağaç türü ile temsil edilir ve köksüz ağaçta temsil edilmez, ancak bazı karakterlerin kullanılan verilerle eşlenmesi nedeniyle kök ağaç olarak düşünülebilir. Ortak ata, filogenetik ağacın köküyle temsil edilir ve ağaçtaki düğümlerin dalları, güncel biyolojik bilgiyi temsil eder. Bu şekilde gösterilen ilişkileri tahmin etmek için MEGA yazılımı kullanıldı. Bu çalışmada, 10 suşun (KC710304.1, KC710305.1, KC710306.1, KC710307.1, KC710308.1) verilerini içeren bir çalışma dosyası üzerinde MEGA 11 yazılım programı aracılığıyla filogenetik ağaç yapımı ve evrimsel köklerin tespit ve analiz yöntemleri araştırılmıştır. NCBI veri bankasından elde edilen Thermoplasma acidophilum bakterilerinin KC710309.1, KC710310.1, KC710311.1, KC710312.1 ve KC710313.1).